La homotoxicología sostiene que la salud sólo se recupera eliminando las toxinas del organismo. Estas sustancias tóxicas llamadas homotoxinas proceden del consumo frecuente de tabaco, alcohol, drogas, fármacos, alimentos con herbicidas, fungicidas, conservantes, colorantes, edulcorantes… o se crean en el propio cuerpo, provenientes de productos de desecho de procesos metabólicos, como CO2, urea, ácido láctico…  La homotoxicología usa remedios homeopáticos compuestos, remedios alopáticos, acupuntura, plantas medicinales y/o terapia neural. Los remedios antihomotóxicos se presentan en forma de comprimidos, gotas, pomadas, jarabe, colirio, supositorios, nebulizadores nasales y ampollas inyectables. El objetivo del tratamiento nunca será la mera supresión de los síntomas de la enfermedad, sino la regulación de estos, utilizando primordialmente la homeopatía.